ส่วนทรัพยากรน้ำ มีอำนาจหน้าที่ดังนี้
1) ประสานการจัดทำแผนการจัดการน้ำของจังหวัด
2) ประสานการเฝ้าระวัง ตรวจสอบกำกับ ดูแล ส่งเสริมเผยแพร่บำรุงรักษา และระบบเตือนภัยเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำในระดับจังหวัด
3) กำกับ ดูแลกิจการประปาสัมปทานของน้ำผิวดิน
4) อนุญาต ควบคุมกำกับดูแลการประกอบกิจการน้ำบาดาล
5) ประสานการจัดการน้ำบาดาลเพื่อแก้ไขปัญหาภัยแล้งของจังหวัด
6) กำกับ ดูแลกิจการประปาสัมปทานของน้ำบาดาลในระดับจังหวัด
แบ่งออกเป็น 2 ฝ่าย ดังนี้
1. ฝ่ายน้ำผิวดิน มีหน้าที่ปฏิบัติและรับผิดชอบเกี่ยวกับการประสานการจัดทำแผนบริหารการจัดการน้ำของจังหวัด ประสานการเฝ้าระวัง ตรวจสอบกำกับ ดูแล ส่งเสริมเผยแพร่บำรุงรักษา และระบบเตือนภัยเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำในระดับจังหวัด กำกับดูแลการประปาสัมปทานของน้ำผิวดินในระดับจังหวัด ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง
2. ฝ่ายน้ำบาดาล มีหน้าที่ปฏิบัติและรับผิดชอบเกี่ยวกับการอนุญาต ควบคุมกำกับดูแลการประกอบกิจการน้ำบาดาล ประสานการจัดการน้ำบาดาลเพื่อแก้ไขปัญหาภัยแล้งของจังหวัด กำกับ ดูแลการประกอบกิจการประปาสัมปทานของน้ำบาดาลในระดับจังหวัด ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง